Nach seinem Abitur im Jahre 1972 machte der in Wachow / Brandenburg geborene Jochen Kowalski seine ersten Schritte auf den Brettern, die auch für ihn die Welt bedeuteten - er wurde Requisiteur an der Deutschen Staatsoper Unter den Linden. Er wollte jedoch mehr und begann daher im Jahre 1977 ein Gesangsstudium an der Hochschule für Musik Hanns Eisler in Berlin im Fach Tenor. Noch als Student wirkte er 1981 in der damals ersten Inszenierung des neuen Chefregisseurs Harry Kupfer an der Komischen Oper - Die Meistersinger von Nürnberg - als einer der Lehrbuben mit. Seit dieser Zeit arbeitet er mit der Gesangslehrerin Marianne Fischer-Kupfer, die die Begabung des jungen Mannes für das männliche Altfach entdeckte und förderte.

In diesem Fach wurde er noch während seiner Studienzeit zu Auftritten bei den Internationalen Händel-Festspielen in Halle verpflichtet - 1982 in der Oper Il Muzio Scevola und 1983 als Dydimus im Oratorium Theodora. Er wurde nach Beendigung seines Studiums 1983 an die Komische Oper Berlin engagiert, wo er am 20.11.1983 als Zarensohn Fjodor in der Oper Boris Godunov / Inszenierung Harry Kupfer debütierte.

Ein Jahr später gestaltete er am gleichen Haus die Titelpartie der Oper Giustino von Georg Friedrich Händel und damit begann ein künstlerischer Weg, der Jochen Kowalski auf die Bühnen der großen internationalen Opernhäuser führte.

Bereits mit dieser Inszenierung fanden Gastspiele 1985 in München zu den Opernfestspielen und in der neu eröffneten Dresdner Semperoper statt; 1987 in Amsterdam zur Eröffnung des neuen Opernhauses und 1989 zu den Schlossfestspielen in Ludwigsburg und zu den Internationalen Maifestspielen Wiesbaden. In Berlin wurde die bis zu dieser Inszenierung fast unbekannte Händel-Oper ein langjähriger Publikumserfolg mit fast 100 Aufführungen.

1985 inszenierte Harry Kupfer an der Hamburgischen Staatsoper szenisch Händels Oratorium Belsazar und besetzte Jochen Kowalski als Daniel, mit dieser Inszenierung gastierte er 1995 in Tel Aviv; bereits 1994 hat sie an der Semperoper in Dresden neuerlich Premiere.

1987 hatte er sein Debüt als Prinz Orlofsky in der Fledermaus an der Wiener Volksoper, wo er sich bereits 1986 als Giustino in einer Übernahme der Berliner Inszenierung dem Wiener Opernpublikum vorgestellt hatte. Mit der Partie des Orlofsky debütierte er dann am 31.12.1992 auch an der Wiener Staatsoper. In dieser Partie gastierte er mehrfach am Royal Opera House Covent Garden in London und seit 1994 auch an der Metropolitan Opera New York sowie bei Gastspielen mit der Wiener Staatsoper, der Volksoper Wien und der Komischen Oper in Japan. An der Metropolitan Opera sang er u.a. die Milleniums-Galaaufführung der Fledermaus am 31.12.1999. Bereits 1996 fand hier die Premiere von A Midsummer Night’s Dream von Benjamin Britten statt, Jochen Kowalski sang die Partie des Oberon. Mit dieser Partie war er auch an der Oper Frankfurt, der Wiener Volksoper und der Semperoper Dresden zu erleben.

Trotz unzähliger Gastverpflichtungen als Solist an viele Opernhäuser der Welt hielt er aber immer seinem Stammhaus in der Berliner Behrenstrasse die Treue. Hier gestaltete er 1987 den Orpheus in einer aufsehenerregenden Inszenierung Harry Kupfers von Glucks Orpheus und Eurydike. Mit dieser Inszenierung und Jochen Kowalski in der Hauptpartie gastierte die Komische Oper in London, Wien, New York und Jerusalem sowie anlässlich der Internationalen Maifestspielen 1990 in Wiesbaden.

In der Komischen Oper fanden 115 Aufführungen dieser Inszenierung statt.

1993 entstand in Zusammenarbeit mit den Schwetzinger Festspielen Harry Kupfers Inszenierung von Händels Julius Cäsar in Ägypten, in der Jochen Kowalski den Cäsar sang und die nach der Premiere und den Aufführungen anlässlich der Schwetzinger Festspiele 38 Mal an der Komischen Oper zu erleben war und hier von mehr als dreißigtausend Besuchern gesehen wurde. Bereits 1989 gestaltete er diese Partie in einer Inszenierung dieser Oper von Hansgünther Heyme an der Deutschen Oper am Rhein, Düsseldorf. Schon 1987 hatte er als Ptolomeo sein Debüt an der Grand Opera Paris.

1999 wirkte er als David in Saul ein weiteres Mal in einem szenisch gestalteten Oratorium von Georg Friedrich Händel mit - Inszenierung Anthony Pilavachi an der Komischen Oper Berlin. 2002 sang er hier auch den Andronico in der Oper Tamerlano des gleichen Komponisten.

1993 sang er im Rahmen der Salzburger Festspiele den Ottone in Claudio Monteverdis Oper L’ Incoronazione di Poppea in der Inszenierung von Jürgen Flimm und unter der musikalischen Leitung von Nikolaus Harnoncourt.

1993 kehrte er mit einem Gastspiel als Orlofsky und 1994 dann in der Titelpartie der Oper Tancredi von Gioacchino Rossini an das Haus zurück, in dem dieser erfolgreiche Weg 1972 begonnen hatte - die Staatsoper Unter den Linden in Berlin.

Er arbeitete bisher außer mit Harry Kupfer mit den Regisseuren Philippe Arlaud, Ruth Berghaus, Fred Berndt, Jürgen Flimm, Philipp Himmelmann, Thomas Langhoff sowie mit den Dirigenten Gerd Albrecht, Christoph Biller; Richard Bonynge, Heinz Fricke, Hartmut Haenchen, Nikolaus Harnoncourt, Michail Jurowski, Jakov Kreizberg, Fabio Luisi, Kurt Masur, Zubin Mehta, Rolf Reuter, Hans Joachim Rotzsch, Stefan Soltesz (diese Aufzählung ist naturgemäß nicht komplett und vollständig) zusammen.

Am 29. November 1988 gab Jochen Kowalski seinen ersten Liederabend mit Liedern von Bellini, Mozart und Beethoven - natürlich "zu Hause" in der Komischen Oper, die - auch natürlich - ausverkauft war. Seit dieser Zeit ist er auch in diesem Genre Gast auf unzähligen Konzertpodien und Festivals, neben den schon im Zusammenhang mit den Opernaufführungen genannten Ländern und Städten auch in Moskau, wo er 2000 als erster Deutscher im Kreml sang, sowie in St. Petersburg. Renommierte Festivals wie der Kissinger Sommer und das Schleswig Holstein Musikfestival bereichern ihre Programme immer wieder mit Liederabenden und Konzerten von Jochen Kowalski. Sehr gern tritt er aber auch in Kirchen und Konzertsälen seiner Brandenburgischen Heimat wie dem Brandenburger Dom oder der Nikolaikirche in Potsdam auf.

Im November 1994 stellte er sich gemeinsam mit den Schauspielern Katrin Klein, Dagmar Manzel und Daniel Morgenroth im Deutschen Theater in der Inszenierung "Eine Sehnsucht, egal wonach" mit Liedern der 20er und 30er Jahre vor. Damit begannen seine gelegentlichen Ausflüge in die leichte Muse, die sehr schnell zu einem großen Publikumserfolg wurden, da er sie eben nicht leicht nahm, sondern daran mit der gleichen Ernsthaftigkeit und Seriosität arbeitet, wie an seinen Opern- und Konzertauftritten. Das ist auch das Geheimnis des Erfolgs seines neuesten Programms "So oder so ist das Leben" in dem er gemeinsam mit dem Salonorchester Illusion den Bogen von englischen Barock- und italienischen Belcanto-Arien über Lieder deutscher Tonfilme bis hin zu Musical-Songs schlägt und damit an einem Abend einen Einblick in die ganze Spannbreite seines künstlerischen Schaffens gibt. Auch mit dem bekannten Capital Dance Orchester erarbeitete er ein gemeinsames Programm in der Reihe Stars go Swing, das erstmalig 2005 in Berlin vorgestellt wurde und mit dem er gemeinsam mit diesem Orchester schon mehrmals auf Tournee war.

Er hat sich in der Zwischenzeit in der Reihe "Musik für jedes Alter" in der Komischen Oper in Prokofjews Peter und der Wolf und in Saint-Saëns Karneval der Tiere auch mehrmals als Erzähler einem großen Kinderpublikum vorgestellt.

2004 gestaltete er in der Produktion von Georg Philipp Telemanns Pastorelle en musique die Partie des Amyntas in mehreren Aufführungen im Berliner Meistersaal.

Seit Mai 2006 ist er auf der Bühne der Komischen Oper als Astrologe in der Inszenierung der Oper Der goldene Hahn von Nikolai Rimskij-Korsakow zu erleben. Inszenierung:Andreas Homoki, Musikalische Leitung:Michail Jurowski

Seit 2003 erarbeitet er neue Partien und Programme gemeinsam mit Kammersängerin Jutta Vulpius.

Auf vielen Schallplatten-, CD- und DVD-Aufnahmen ist das künstlerisches Schaffen von Jochen Kowalski in seinen unterschiedlichen Facetten dokumentiert, die Inszenierungen von Orpheus und Eurydike, Giustino, Belsazar und die Covent Garden Produktionen von Fledermaus mit Sutherland; Horne und Pavarotti und Mitridate, Re die Ponto wurden im Fernsehen ausgestrahlt.

Für sein künstlerisches Schaffen wurde er mit dem Kulturpreis 1992,1994 mit dem Titel Berliner Kammersänger und 2004 mit dem Verdienstorden des Landes Berlin geehrt.

Seine Aufnahmen mit Arien von Händel und Mozart sowie die Gesamtaufnahme von Glucks Orfeo ed Euridice erhielten 1988 und 1989 den Preis der Deutschen Schallplattenkritik. Die Inszenierung von Orpheus und Eurydike der Komischen Oper wurde in London mit dem Laurence Olivier Award ausgezeichnet.